تشمل التطبيقات الرئيسية لتكنولوجيا غشاء الترشيح الفائق في صناعة المواد الغذائية تركيز عصير الفاكهة وتوضيحه، وإنتاج البيرة، واستخلاص العناصر الغذائية. استخدم بعض الباحثين تقنية الترشيح الفائق والتحكم في اللون البني لإنتاج عصير الموز المصفى. لقد وجدت الدراسات أنه بعد الترشيح الدقيق لعصير اليقطين، باستخدام غشاء الترشيح الفائق الحلزوني متعدد السلفون - مع قطع الوزن الجزيئي 50000، وإجراء تجربة الترشيح الفائق الارتجاعي الكامل عند ضغط تشغيل قدره 0.3 ميجاباسكال ودرجة حرارة مثالية تبلغ 35 درجة، يمكن أن يصل تدفق الغشاء إلى 30.23 لتر/(م²·ساعة) على الأقل، مما يؤدي إلى الحصول على مشروب عصير اليقطين واضح وشفاف. علاوة على ذلك، استخدم العديد من الباحثين تقنية الترشيح الفائق لاستخلاص مواد مثل الهسبيريدين، والبروتينات، والسكريات، والميلامين.
إلى جانب تطبيقها في استخلاص المكونات، يمكن أيضًا استخدام تكنولوجيا غشاء الترشيح الفائق للتعقيم. قام بعض الباحثين بتطبيق تقنية الترشيح الفائق لتعقيم وتصفية صلصة الصويا، مما أدى إلى تحسين جودة المنتج وإطالة مدة الصلاحية.